Ippei813 Nikki

Folding@home

Windows DesktopではUDの Cancer Research Project にもう2年くらい参加してるんだけど、Core2Duo serverのほとんど余ってるCPUリソースとそれを動かす電気代を似たようなFolding@homeというGrid Computingを使った研究プロジェクトに提供する事にした。ほんとはUDが良かったんだけどLinuxでは動かない。(UDの前は宇宙人探しのSETI@homeやってた。。宇宙人はこの広い宇宙どこかにいるとは思うんだけど、わざわざ探す必要は無いんじゃないかと思ってUDに乗り換え。映画の’Contact’はすごく好きなだけに複雑な決断だ、、、)

Folding@homeはたんぱく質の畳み込みの計算をしてる。アルツハイマー、がん、パーキンソン病などの研究にその畳み込みの計算が役に立つようだ。いつもの様に詳しい事は分らないが、多少は役に立つかもしれないというのと参加する事自体が面白そうだという動機で参加。

Core2Duoに最適というSMP向けのx86_64 binaryをinstall。これを動かすとプロセスが4つ起動する。top見ると%CPUの合計が100%越えてるけど、こういう物なのかな？

PR  NI  VIRT  RES  SHR S %CPU %MEM    TIME+  COMMAND        
34  19 99.9m  65m 2544 S   63  6.7 304:20.48 FahCore_a1.exe
34  19 91328  55m 2348 S   59  5.7 279:30.59 FahCore_a1.exe
34  19 85556  49m 1940 S   40  5.1 189:51.87 FahCore_a1.exe
34  19 84728  48m 2268 S   26  5.0 128:35.64　FahCore_a1.exe

UDだとどのwork unitも必要なcpu timeは同じだが、Folding@homeの場合は毎回送られてくるwork unitのタイプ(project)が違っており、それを処理するのに必要なCPU timeも違う。最初に送られて来たのはP3020。このwork unitを終えるのに約15時間かかった。その次に送られてきたP2605ってのを今やってるけど、これは30時間かかりそう。

ソースパッケージのlinux-source-2.6.18がリリースになったのでコンパイル。ICH8のGbEtherが使えるようになったのを確認。DEC 21140 PCIカードは取り外した。—–